Gastoldi nacque a Caravaggio, in territorio bergamasco, intorno al 1555. La sua formazione musicale avvenne nella cappella di S. Barbara in Mantova fatta erigere dal duca Guglielmo Gonzaga, suo protettore e ivi fu maestro di canto fermo, canto figurato e contrappunto per i chierici della chiesa ducale. Nel 1582 diventò
ufficialmente maestro della cappella ducale di Santa Barbara e compose il secondo intermezzo per la commedia Idropica di Battista Guarini, che fu messa in scena proprio a Mantova il 2 giugno 1608. Sugli ultimi anni della sua vita alcuni biografi riferiscono di un trasferimento al Duomo di Milano, ma è inattendibile e smentito da recenti e approfonditi studi (Archivio di Stato di Mantova e Archivio
della veneranda Fabbrica del Duomo di Milano) che testimoniano invece il suo continuo legame a Mantova dove morì nel 1609. Gli unici rapporti di Gastoldi con Milano si devono ad alcuni aspetti editoriali delle sue opere.
La sua grande fortuna si deve alla composizione di balletti di corte a 3 e a 5 voci che furono ristampati decine di volte, in Italia e all’estero, anche in edizioni postume. Lo stesso J.S. Bach sfruttò il tema del balletto A lieta vita amor ci invita per il preludio del corale In Dir ist Freude.
Musicista di corte, raffinato e versatile, Gastoldi operò dunque sia nel campo della musica sacra, specie con i lavori legati al servizio in S. Barbara, sia in quello della produzione profana. Il suo stile appartiene al periodo madrigalistico tardo-rinascimentale di transizione, tra polifonia e monodia accompagnata. Il genere del balletto, da lui codificato, evidenzia da un lato l’aspetto ritmico della frase musicale e dall’altro l’elemento ludico spettacolare; e diventa specchio della vita musicale presso le corti rinascimentali italiane. Nati dalle canzonette e dalle villanelle popolari, i balletti venivano impiegati per accompagnare spettacoli di danze mimate e come genere esercitarono un grande influsso sui madrigali drammatici, dei
quali vengono considerati precursori.