La chiesa attuale sorse nel 1603. Nel 1753 i Serassi collocarono un organo di 16 piedi con due Tastiere (op. 161 del Catalogo). Nel 1884 op. 59 viene costruito dalla ditta Giacomo Locatelli formata dalla maestranza Serassi e inaugurato dal maestro Polibio Fumagalli. Nel 1985 venne restaurato dalla ditta Piccinelli di Ponteranica (Bergamo). Questo strumento prelude a un modello di organo di tipo sinfonico, ideato strutturalmente non a terrazze sonore, cioè con vari corpi d’organo a sé stanti, ma come un insieme unitario di suoni che si amalgamano e si fondono; nasce dunque un nuovo modo di intendere la disposizione fonica dei registri, secondo il ‘crescendo dinamico’ proprio del coevo organo sinfonico francese.

L’organo è collocato nel transetto, nella cantoria in cornu Evangelii. A trasmissione meccanica, possiede tre tastiere di 61 tasti (Do–Do6): l’inferiore è per l’Organo Eco, la seconda per l’Organo Canto e la terza per il Grand’Organo, con divisione bassi / soprani Si2–Do3. Placcature dei tasti in osso ed ebano. Registrazione a manette con incastro in due colonne a destra delle tastiere per il grand’Organo e Organo Canto e a sinistra in una colonna per l’Organo Eco. Il tipo di comandi sono manette alla lombarda con spostamento laterale d incastro. Le canne sono 2318.

Disposizione fonica attuale. Organo Eco: Tremolo alla Voce Corale,  Bordone 8’ B., Principale 8’ S., Ottava 4’ B., Ottava 4’ S., Arpone 8’ B., Clarino 8’ S., Violoncello 8’ B., Oboe 8’ S., Dulciana 4’ B., Violino 4’ S., Violetta 8’ S., Salicionale 4’ S., Voce Flebile 8’ S., Voce Corale 16’ S.

Organo Canto: Principale 8’ B., Principale 8’ S., Flauto in Selva 8’ B., Flauto Polacco 8’ S., Corni da Caccia 8’ al 2° Do, Corno Inglese 8’ al 2° Do, Violoncello 8’ B., Oboe 8’ S., Viola d’Amore 8’ al 2° Do, Flauto Traverso 8’ S., Unda Maris 8’ S., Ottavino 2’ S., Contrabasso 16’, Subbasso 16’, Timballi, Tromboni 8’, Duodecima ai Pedali, Violone 8’ ai Pedali, Unione Eco al G.O., Unione Canto al G.O., Terzamano al G.O., Unione G.O. al Pedale.

Grand’Organo: Controfagotto 16’ B., Tromba 16’ S., Fagotto 8’ B., Tromba 8’ S., Cornetta a tre canne al 2° Do, Viola Gamba 8’ B., Viola Gamba 8’ S., Principale 16’ B., Principale 16’ S., Principale I 8’ B., Principale I 8’ S., Principale II 8’ B., Principale II 8’ S., Ottava I 4’ B., Ottava I 4’ S., Ottava II 4’ B. e S., Duodecima, Quintadecima
Due di Ripieno, Due di Ripieno.

Le immagini nn. 3, 4, 5, 7 sono di Lions Officina Grafica Bergamo.